חוק הפטנטים היפני לא אוסר בצורה מפורשת מתן פטנטים בגין תהליך לטיפול רפואי (בשונה מהחוק הישראלי). אולם, הפרקטיקה של רשות הפטנטים היפנית ופסקי הדין שניתנו במדינה מראים כי בדומה לישראל, לא ניתן לקבל פטנט בגין תהליך לטיפול רפואי בגוף האדם וזאת בשונה מקבלת פטנט בגין תרופה או מכשיר רפואי.

ההגדרה המשמשת את רשות הפטנטים היפנית הינה:

"methods for treatment of the human body by surgery or therapy and diagnostic methods practiced on humans".

רשות הפטנטים היפנית פוסלת בקשות לתהליך לטיפול רפואי ע"י הגדרתם כפטנט שאין להם ישימות טכנולוגית (Industrial Applicability). הגישה האמורה אושרה ע"י בית המשפט העליון ביפן כבר ב-2002, (Tokyo High Court, 2002, (gyo ke) No. 65)..

טיעוניה של רשות הפטנטים היפנית מתבססים על ההכרה כי אין צורך לספק תמריץ ע"י מתן פטנט שכן פיתוח הטיפולים נעשה לרוב ע"י מוסדות אקדמיים ובתי חולים אשר אינם זקוקים לתמריץ זה. זאת בנוסף על השיקולים הפוליטיים וההומאניים שפורטו בפסק הדין מ-2002.

בפסק הדין נקבע כי יהיה זה לא אתי לאפשר פטנטים מסוג זה (בשונה מפטנטים בגין תרופות או מכשירים רפואיים) שכן אין ברשות מנתח המבצע פעולה רפואית (בייחוד אם מדובר על פעולה דחופה) היכולת להחליט האם שיטה כזו או אחרת מוגנת בפטנט ואין החברה רוצה להצר את צעדיו של המנתח בגלל חששו שיפר פטנט כזה או אחר. על כן נפסק כי כל עוד אין התייחסות ספציפית בחוק הפטנטים היפני להמצאות הקשורות בתהליך לטיפול רפואי בגוף האדם לא ניתן לקבל בגינם פטנט.