בהחלטה מה-24 לנובמבר, 2008, בעניין Halligan, קבע ה-Board of Patent Appeals and Interferences שהוא ערכאת הערעור על החלטות משרד רשם הפטנטים האמריקאי, כי תהליך עסקי המגובה בתוכנת מחשב, אשר כל ייעודה של תוכנת המחשב הוא לבצע את התהליך העסקי שמהותו ניהול זכויות משפטיות (זיהוי סודות מסחריים וכדומה), אינו עומד בדרישות פסק הדין Bilski שכן זכויות משפטיות אינן אובייקטים מוחשיים, ולכן אינו כשיר לפטנט.

החלטה זו הייתה צפויה לאור החלטות קודמות של ה- BPAI ולמעשה, היה ברור כי זוהי עמדתו של גוף זה.

בקהילה המשפטית בארה"ב נשמעים קולות המבקרים את BPAI שכן לטענתם ניתן היה לדחות את בקשת הפטנט מאחר ומדובר, לטענתם, על המצאה שמחקה תהליכים מחשבתיים ("mental acts") קיימים ועל כן ממילא אינה כשירה לרישום. אותם גורמים גורסים כי זו דרכה של BPAI לקבע פרקטיקה ופרשנות שגויה, המקשה עח מבקשי הפטנטים, לפס"ד בילסקי.

השאלה המעניינת באמת היא מה תהיה קביעתו של בית המשפט לערעורים (ה-CAFC) שהוא ערכאת הפטנטים החשובה "באמת" כאשר עניין דומה יגיע לפניו. עד אז, תידרש מומחיות רבה לנסח פטנטים תהליכיים בתוכנה כך שיעברו את הקריטריונים של Bilski כפי שהם מפורשים על ידי בוחני הפטנטים ו-BPAI.